Das 1820 gegründete Dekanat Zwiefalten bestand schon vor der Diözese Rottenburg-Stuttgart, die 1828 entstand. Damals gehörten die Katholiken der heutigen Diözese den Bistümern Konstanz, Speyer, Augsburg, Worms und Würzburg an. In den zwanziger Jahren des 19. Jahrhunderts erfolgte nach der Säkularisation und den napoleonischen Kriegen die Neuordnung der Katholischen Kirche im deutschen Südwesten und die Angleichung der Bistumsgrenzen an die der Länder.
Das zum Königreich erhobene evangelische Württemberg hatte große traditionell katholische Landstriche hinzu erhalten. Um einen auswärtigen Bischof für seine knapp halbe Million katholischen Untertanen zu vermeiden, suchte König Wilhelm I. nach einer Möglichkeit, einen Bischofssitz in der Nähe Stuttgarts einzurichten. Gute Voraussetzungen für die kirchliche Behörde bot das einst vorderösterreichische Rottenburg mit seiner Martinskirche und den ehemaligen Ordenshäusern; für viele jedoch Anlass zur Kritik gerade angesichts repräsentativerer Gotteshäuser in Weingarten, Zwiefalten oder Neresheim.

Die Geschichte des Dekanats Zwiefalten reicht in die Zeit der „Landkapitel“ zurück. Diese sind eher einem Zusammenschluss der Kirchengemeinden eines Landstriches als einer speziellen Struktur- und Verwaltungsebene vergleichbar. So gab es über Jahrzehnte keinen eigenen Names des Dekanats; die Bezeichnung richtete sich nach dem Pfarrsitz des jeweiligen Dekans.